Acelerar el progreso científico con preprints [ revista Nature Computational Science ]

Publicado en Nature
https://www.nature.com/articles/s43588-024-00641-4



Acelerar el progreso científico con preprints

Nature Computational Science

Reconocemos la importancia de la publicación de preprints para comunicar los resultados de la investigación y animamos a nuestros autores a utilizar este servicio.

Desde su lanzamiento, Nature Computational Science ha implementado múltiples políticas y flujos de trabajo con el objetivo de fomentar la transparencia y la apertura de la investigación. Por ejemplo, nuestros autores deben cumplir unas directrices específicas relativas a la comunicación y la reproducibilidad de los resultados publicados, incluida la disponibilidad de los datos y códigos pertinentes. La revista también lleva a cabo revisiones por pares de los códigos(1), exige la citación de los datos y códigos(2) y ofrece la opción de una revisión por pares transparente(3), en la que los comentarios de los revisores, las réplicas de los autores y las cartas con las decisiones editoriales se recopilan y publican junto con el manuscrito si los autores optan por este servicio. Además, también animamos a nuestros autores a depositar y compartir un preprint de la versión original enviada de su manuscrito antes o durante la revisión por pares, lo que representa otra oportunidad para aumentar la apertura en todo el proceso de investigación.

Los preprints no son nada nuevo. De hecho, tienen una larga trayectoria en las ciencias físicas: arXiv, el popular repositorio de acceso abierto de preprints, se lanzó en 1991 principalmente como un archivo de física y luego se expandió a otras áreas como las matemáticas, la astronomía, la informática, la biología cuantitativa y la estadística. Desde entonces, muchas otras áreas han adoptado el depósito de preprints, entre ellas, las ciencias biológicas y médicas, la química y las ciencias sociales, y los investigadores disponen de un gran número de archivos, algunos de los cuales se utilizan más que otros. Crossref, una organización sin ánimo de lucro que registra identificadores de objetos digitales (DOI) para objetos de investigación, informó hace seis años(4) que el volumen de preprints creció aproximadamente un 30 % entre 2016 y 2018, en comparación con un crecimiento de los artículos del 2-3 % durante el mismo periodo.

Pero, ¿por qué han aumentado en popularidad las preprints? ¿Por qué los investigadores compartirían preprints de sus manuscritos?

La revisión por pares puede ser un proceso largo. Aunque los editores hacen todo lo posible por proporcionar a los autores una decisión oportuna sobre sus artículos, pueden surgir algunos problemas que retrasen la publicación final de un artículo. Los preprints ayudan a minimizar los retrasos en la comunicación de los resultados de la investigación, evitando el período de espera al permitir a los autores compartir y difundir públicamente sus artículos tan pronto como estén listos para hacerlo. De este modo, los autores pueden reivindicar sus hallazgos y establecer la prioridad del trabajo que han realizado. Además, las preimpresiones son de acceso abierto y, dependiendo del servidor, tienen DOI asociados, lo que significa que otros investigadores pueden encontrarlas y citarlas fácilmente. Los preprints también pueden complementar la revisión por pares tradicional, ya que los pares pueden descubrir el trabajo y ponerse en contacto con los autores para sugerirles mejoras. Research(5) ha demostrado que los preprints pueden mejorar la visibilidad y las citas tempranas, y los principales financiadores, entre los que se encuentran los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU., el Wellcome Trust y la Fundación Simons, por nombrar algunos, han expresado su apoyo al intercambio de preprints en los últimos años. Muchas universidades también han fomentado la inclusión de publicaciones en servidores de preprints como parte de las solicitudes de contratación y permanencia/promoción del profesorado.  

Huelga decir que, dado que los preprints pueden publicarse sin revisión por pares, no deben presentarse como información contrastada y, por lo tanto, hay que actuar con cautela al utilizar los resultados descritos. Dado que los preprints no solo están disponibles para los científicos, sino también para el público en general, existe la preocupación de que datos potencialmente poco fiables puedan pasar a formar parte del discurso público a través de los medios de comunicación tradicionales y las redes sociales, lo que de hecho ocurrió(6) durante la pandemia de COVID-19. Servidores como bioRxiv y medRxiv, por ejemplo, incluyen una advertencia de que los preprints no han sido revisados por pares y que no deben utilizarse como guía para la práctica clínica. La revisión por pares sigue siendo importante, y los preprints no pretenden sustituir a las revistas científicas: al fin y al cabo, las revistas no solo sirven para gestionar el proceso de revisión por pares, sino también para establecer y mantener unos estándares elevados y unas políticas estrictas para la presentación y publicación de alta calidad de los resultados de las investigaciones. Sin embargo, esto no significa que los preprints no puedan utilizarse de forma responsable para la difusión de la investigación.

En Nature Computational Science, junto con otras revistas de Nature Portfolio, reconocemos la importancia de la publicación de preprints en el proceso de debate científico abierto y fomentamos activamente la publicación de preprints para artículos de investigación primaria, tal y como se describe en nuestra política. La publicación de un preprint no compromete la novedad del estudio correspondiente y, por lo tanto, no pone en peligro la consideración del estudio en nuestra revista. Además, la versión que se envió originalmente a la revista puede publicarse como preprint en cualquier momento durante el proceso de revisión por pares. Nuestros autores pueden elegir cualquier servidor de preprints que deseen; alternativamente, en el momento de la presentación, pueden optar por utilizar In Review, un servicio gratuito de depósito de preprints integrado en la revista de Research Square. En el momento de la publicación, Nature Computational Science ofrece a los autores la opción de añadir un enlace desde el artículo publicado a su preprint correspondiente, lo que garantiza que los enlaces sean visibles para todos los lectores.  

Creemos que los preprints constituyen un excelente medio para la rápida difusión de hallazgos relevantes. Siempre que la comunidad científica y los medios de comunicación comprendan que el material puede no haber sido sometido a revisión por pares, las ventajas superan con creces las limitaciones.


//////////////////////////////

• Editorial
• Published: 29 May 2024

Accelerating scientific progress with preprints

Nature Computational Science

We recognize the importance of preprint posting in communicating research findings and encourage our authors to make use of this service.
Since its launch, Nature Computational Science has implemented multiple policies and workflows with the goal of fostering research transparency and openness. For instance, our authors must adhere to specific guidelines regarding the reporting and reproducibility of published results, including the availability of relevant data and code. The journal also carries out code peer review1, mandates data and code citation2, and offers the option of transparent peer review3, in which reviewers’ comments, authors’ rebuttal and editorial decision letters are compiled and published alongside the manuscript if the authors opt in to this service. In addition, we also encourage our authors to deposit and share a preprint of the original submitted version of their manuscript prior to or during peer review, which represents another opportunity for increasing openness throughout the research process.  

Preprints are certainly not new. As a matter of fact, they have had a long history in the physical sciences: arXiv, the popular open-access repository of preprints, launched back in 1991 primarily as a physics archive and then expanded to other areas such as mathematics, astronomy, computer science, quantitative biology, and statistics. Since then, many other areas have embraced the deposition of preprints — including, but not limited to, biological and medical sciences, chemistry, and social sciences — and a large number of archives have become available to researchers, with some repositories more widely used than others. Crossref — a non-profit organization that registers digital object identifiers (DOIs) for research objects — reported six years ago4 that the volume of preprints grew approximately 30% in 2016–2018, compared to an article growth of 2–3% for the same period.  

But why have preprints increased in popularity? Why would researchers share preprints of their manuscripts?

Peer review can be a long process. Even though editors do their best to provide authors with a timely decision on their papers, there may be some issues along the way that delay the eventual publication of a paper. Preprints help minimize delays in communicating the research findings, circumventing the waiting period by allowing authors to publicly share and disseminate their articles as soon as they are ready to do so. As such, authors can lay claim to their findings and establish priority for the work that they have done. In addition, preprints are open access and, depending on the server, have associated DOIs, meaning that they are easy for other researchers to find and cite. Preprints can also supplement traditional peer review, as peers can discover the work and contact the authors with suggestions for improvements. Research5 has shown that preprints can improve early visibility and citations, and major funders, including the US National Institutes of Health, the Wellcome Trust, and the Simons Foundation, to name a few, have voiced their support for preprint sharing in recent years. Many universities have also encouraged listing publications on preprint servers as part of applications for faculty hiring and tenure/promotion.  

It goes without saying that, because preprints can be posted without peer review, they should not be reported as established information and therefore caution must be taken when making use of the described results. Because preprints are not available only to scientists, but to the general public as well, there is a concern that potentially unreliable data can become part of the public discourse through traditional and social media — which actually happened6 during the COVID-19 pandemic. Servers such as bioRxiv and medRxiv, for instance, include a warning that preprints have not been peer-reviewed and that they should not be used to guide clinical practice. Peer review is still important, and preprints are not intended to replace scientific journals: after all, journals serve not only to manage the peer-review process but also to establish and uphold high standards and stringent policies for high-quality reporting and publishing of research findings. This does not mean, however, that preprints cannot be used responsibly for dissemination of research.  

We at Nature Computational Science, together with other Nature Portfolio journals, recognize the important role of preprint posting in the process of open scientific discourse and actively encourage the posting of preprints for primary research papers, as described in our policy. Having posted a preprint does not compromise the novelty of the corresponding study, and therefore, does not jeopardize consideration of the study at our journal. In addition, the version that was originally submitted to the journal can be posted as a preprint at any time during the peer review process. Our authors can choose any preprint server of their liking; alternatively, at the time of submission, they can opt in to use In Review, a free journal-integrated preprint deposition service from Research Square. At the time of publication, Nature Computational Science offers authors the option to add a link from the published paper to its corresponding preprint, thus ensuring that the links are visible to all readers.  

We believe that preprints provide a great vehicle for rapid dissemination of relevant findings. Provided that the scientific community and the media understand that the material might not have been vetted by peer review, the benefits largely outweigh the limitations.

References
• Nat. Comput. Sci. 2, 277 (2022).
• Nat. Comput. Sci. 1, 89 (2021).
• Nat. Comput. Sci. 1, 165 (2021).
• Lin, J. Preprints growth rate ten times higher than journal articles. Crossref (31 May 2018); https://www.crossref.org/blog/preprints-growth-rate-ten-times-higher-than-journal-articles/
• Conroy, G. Preprints boost article citations and mentions. Nature Index (9 July 2019); https://www.nature.com/nature-index/news/preprints-boost-article-citations-and-mentions
Forster, V. No, the coronavirus was not genetically engineered to put pieces of HIV in it. Forbes (2 February 2020); https://www.forbes.com/sites/victoriaforster/2020/02/02/no-coronavirus-was-not-bioengineered-to-put-pieces-of-hiv-in-it/?sh=413daf2956cb

Agobiado por la basura generada por la IA, ArXiv, el repositorio pionero del acceso abierto, se independiza

Publicado en Science
https://www.science.org/content/article/arxiv-pioneering-preprint-server-declares-independence-cornell?utm_source=onesignal&utm_medium=webpush&utm_content=news&utm_campaign=webpush 

ArXiv, el servidor pionero de preprints, se independiza de Cornell

Como organización independiente sin ánimo de lucro, espera recaudar fondos para hacer frente al aumento exponencial de envíos y a la «basura generada por la IA»

18 de marzo de 2026, 18:00 h (hora del Este) Por Jeffrey Brainard

ArXiv.org, el sitio web que en 1991 fue pionero en el uso, ahora generalizado, de los preprints como alternativa rápida y gratuita a los artículos de revistas científicas, seguirá su camino en solitario tras más de dos décadas alojado en la Universidad de Cornell. El 1 de julio se convertirá en una corporación independiente sin ánimo de lucro, según un anuncio publicado a principios de este mes en el que se busca un líder para la nueva organización.

Esta medida ayudará a arXiv a recaudar más fondos de una gama más amplia de donantes para financiar el personal y la tecnología necesarios para dar soporte al número vertiginoso de preprints del sitio —que se espera que supere los 300 000 este año—, afirma Greg Morrisett, decano y vicerrector de Cornell Tech, la rama de educación de posgrado e investigación de la universidad que gestiona arXiv. El dinero también ayudará a hacer frente a otros retos, afirma Morrisett, como la aparición de «AI slop», envíos mediocres o fraudulentos redactados íntegramente por inteligencia artificial.

En las redes sociales, algunos científicos han expresado su preocupación por este cambio, entre otras cosas porque podría llevar a que la plataforma se convirtiera, en última instancia, en una empresa comercial. Sin embargo, Morrisett afirma que es poco probable que los usuarios «vean ningún cambio significativo a corto plazo. Ese es nuestro objetivo. arXiv funciona perfectamente. Queremos que siga teniendo éxito. Esperamos que vean que de esto salen cosas buenas».

ArXiv revolucionó la comunicación académica en física, su ámbito inicial, así como en otros campos, como la informática y las matemáticas. En varias subdisciplinas, la mayoría de los artículos de revistas o de congresos aparecen primero en el servidor de preprints.

Recientemente, el crecimiento de arXiv se ha acelerado. Desde 2022, ha ampliado su plantilla a 27 personas, en gran parte para hacer frente a un aumento del 50 % en el número de manuscritos enviados. Además de los artículos generados por IA, este crecimiento refleja un aumento en el número de artículos sobre IA, afirma Thomas Dietterich, informático de la Universidad Estatal de Oregón y presidente del comité editorial de informática de arXiv.

Ese crecimiento ha dado lugar a déficits operativos en los últimos dos años, incluido un déficit de 297 000 dólares en 2025. Cornell ayudó a cubrir ese exceso de gastos y también aportó 819 000 dólares en apoyo en especie, lo que contribuyó a financiar los costes operativos anuales totales de arXiv, que ascienden a 6,7 millones de dólares. Además de Cornell, arXiv está financiado por más de 270 organizaciones, entre las que se incluyen consorcios de bibliotecas académicas y muchas de las principales instituciones de investigación del mundo, que pagan hasta 10 000 dólares al año en cuotas de afiliación. (Las cuotas se basan en el volumen de preprints publicados por el miembro; los pagos les dan derecho a participar en la gobernanza de arXiv y a acceder a los datos de uso). Otros donantes importantes son la Fundación Simons y Schmidt Sciences, que recientemente han ayudado a financiar mejoras técnicas que están a punto de completarse.  

Según Morrisett, arXiv compite con otras necesidades de financiación dentro de Cornell Tech. «Cuando hablamos con ciertas organizaciones [sobre el servidor de preprints], se percibía cierta preocupación por que Cornell ejerciera demasiada influencia», afirma. «Les inquietaba un poco enviar un cheque a la Universidad de Cornell con la esperanza de que llegara a las arcas de arXiv».

Él, los responsables de arXiv y los donantes coincidieron en que la escisión era la mejor forma de diversificar y aumentar su financiación. Llevaban años debatiendo la medida, y fue recomendada por Paul Ginsparg, el físico que puso en marcha el servicio cuando trabajaba en el Laboratorio Nacional de Los Álamos. Cuando Ginsparg se trasladó a Cornell en 2001, arXiv pasó a formar parte de la biblioteca de Cornell. (Se trasladó a Cornell Tech en 2019).

Según Ginsparg, quedó demostrado que una institución académica no era el anfitrión ideal para arXiv. «Las universidades, a pesar de todas sus virtudes, no tienen un historial de proporcionar este tipo de infraestructura de investigación global a largo plazo», afirma. Cornell, por ejemplo, tenía una capacidad limitada para pagar a los desarrolladores de software que mantuvieran y actualizaran el sitio, que sigue teniendo un aspecto muy sencillo. «Esto no quiere decir que no vaya a haber retos importantes a corto y largo plazo para que todo esto funcione» dentro de un arXiv independiente, afirma Ginsparg.

Cornell y Simons recaudaron fondos para que el arXiv independiente comience su andadura sin déficit y con «financiación suficiente [para funcionar] durante varios años», afirma Morrisett. Añade que arXiv no tiene previsto ningún aumento inmediato de las cuotas de afiliación.

Al independizarse, arXiv se une a otros dos servidores de preprints líderes cuya creación ayudó a inspirar: bioRxiv, dedicado a las ciencias biológicas, y medRxiv, que alberga preprints sobre medicina. El año pasado, ambos se trasladaron de su entidad académica original, el Laboratorio Cold Spring Harbor, a una nueva organización sin ánimo de lucro, openRxiv, por motivos similares.

En las redes sociales, algunos científicos han expresado su preocupación por el salario propuesto de 300 000 dólares para el nuevo director ejecutivo de arXiv, afirmando que les parece elevado. (ArXiv no está de acuerdo.) A otros les preocupa que las presiones financieras puedan acabar obligando a que la plataforma sea adquirida por una empresa con ánimo de lucro.  

Ginsparg afirma que comprende esos temores. «Pero la sostenibilidad a largo plazo siempre ha sido una preocupación», afirma. «Si creen que arXiv ha sido estable, no saben hasta qué punto ha sido todo un «Perils of Pauline» desde el principio» —una referencia a un melodrama cinematográfico de 1914—, ya que el servicio se ha gestionado «con muy pocos recursos».

Ginsparg, que es profesor en Cornell, sigue ayudando a gestionar arXiv, pero afirma que lleva años queriendo reducir su participación y jubilarse. Dice que, al igual que el personaje de Michael Corleone en El padrino, siempre acaba volviendo. Aún no ha decidido qué papel le gustaría desempeñar en la nueva organización sin ánimo de lucro. «Llevo 35 años haciendo esto, y eso es más o menos la mitad de mi vida. Quiero poner en marcha [la organización sin ánimo de lucro], pero, obviamente, en algún momento hay que dejarlo ir». 

*******************

ScienceInsiderScientific Community

ArXiv, the pioneering preprint server, declares independence from Cornell

As an independent nonprofit, it hopes to raise funds to cope with exploding submissions and “AI slop”

18 Mar 20266:00 PM ET ByJeffrey Brainard

ArXiv.org, the website that in 1991 pioneered the now widespread use of preprints as a fast, free alternative to scientific journal articles, will go it alone after more than 2 decades of being hosted by Cornell University. On 1 July, it will become an independent nonprofit corporation, according to an advertisement posted earlier this month seeking a leader for the new organization.

The move will help arXiv raise more money from a broader range of donors to fund the staffing and technology needed to support the site’s skyrocketing number of preprints—expected to top 300,000 this year—says Greg Morrisett, dean and vice provost of Cornell Tech, the graduate-education and research arm of the university that manages arXiv. The money will also help deal with other challenges, Morrisett says, such as the emergence of “AI slop,” mediocre or fraudulent submissions written entirely by artificial intelligence. 

On social media, a few scientists have raised concerns about the shift, including that it might ultimately lead the platform to become a commercial enterprise. But Morrisett says users aren’t likely “to see any significant change in the near term. That’s our goal. Nothing’s broken about arXiv. We want to keep it successful. Hopefully they’ll see good things come out of this.”

ArXiv revolutionized scholarly communication in physics, its initial focus, as well as in other fields including computer science and math. In several subdisciplines, the majority of journal or conference papers appear first on the preprint server.

Recently arXiv’s growth has accelerated. Since 2022, it has expanded its staff to 27, in large part to deal with a 50% increase in submitted manuscripts. Besides AI-generated papers, the growth reflects a surge in the number of papers about AI, says Thomas Dietterich, a computer scientist at Oregon State University who chairs arXiv’s computer science editorial committee.

That growth has resulted in operating deficits in the past 2 years, including a $297,000 deficit in 2025. Cornell helped cover that overrun and also provided $819,000 in in-kind support, helping finance arXiv’s total annual operating costs of $6.7 million. Besides Cornell, arXiv is funded by more than 270 organizations, including academic library consortia and many of the world’s top research institutions, which pay as much as $10,000 per year in membership fees. (The fees are based on the volume of preprints posted by the member; the payments entitle them to a voice in arXiv’s governance and access to usage data.) Other major donors include the Simons Foundation and Schmidt Sciences, both of which recently helped fund technical upgrades that are nearing completion.  

ArXiv competes with other funding needs within Cornell Tech, Morrisett says. “When we talked to certain organizations [about the preprint server], there was a sense of concern that Cornell exerted too much influence,” he says. “They would be a little worried about sending a check to Cornell University and hoping that it made its way into the arXiv coffers.”

He, arXiv leaders, and donors agreed that spinning it off was the best way to diversify and increase its funding. They had discussed the move for years, and it was recommended by Paul Ginsparg, the physicist who started the service when he worked at Los Alamos National Laboratory. When Ginsparg moved to Cornell in 2001, arXiv became part of Cornell’s library. (It moved to Cornell Tech in 2019.) 

An academic institution proved not to be the ideal host for arXiv, Ginsparg says. “Universities, for all their virtues, have no history of providing this sort of global research infrastructure over a long term,” he says. Cornell, for example, had a limited capacity to pay software developers to maintain and upgrade the site, which still has a very no-frills look and feel. “This is not to say there won’t be significant short- and long-term challenges to getting this all to work” within an independent arXiv, Ginsparg says.

Cornell and Simons raised funds so the free-standing arXiv will begin life without a deficit and “enough funding [to operate] for a number of years,” Morrisett says. He adds that arXiv does not plan any immediate increase in membership fees. 

In going independent, arXiv joins two other leading preprint servers whose creation it helped inspire: bioRxiv, which serves biological sciences, and medRxiv, which hosts preprints about medicine. Last year, they migrated from their original academic parent, Cold Spring Harbor Laboratory, to a new nonprofit, openRxiv, for similar reasons.

On social media, a few scientists have raised concerns about the proposed $300,000 salary for arXiv’s new CEO, saying it seemed high. (ArXiv disagrees.) Others worried funding pressures could eventually force the platform to be taken over by a for-profit company.  

Ginsparg says he understands those fears. “But long-term sustainability has always been a concern,” he says. “If they think arXiv has been stable, they don’t know to what extent it was the Perils of Pauline all along”—a reference to a 1914 film melodrama—because the service has been run “on a shoestring.”

Ginsparg, who holds a faculty appointment at Cornell, continues to help run arXiv but says for years he has wanted to wind down his involvement and retire. He says that like the character Michael Corleone in The Godfather, he keeps getting pulled back in. He hasn’t decided what role he’d like to play in the new nonprofit. “I’ve been doing this for 35 years, and that’s roughly half my life. I want to get [the nonprofit] started, but at some point, obviously, you have to let go.”  

---

doi: 10.1126/science.zkb639g