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viernes, 26 de julio de 2024

PLOS: un nuevo indicador de Ciencia Abierta: medición del registro de estudios

Publicado en blog Universo Abierto
https://universoabierto.org/2024/07/02/un-nuevo-indicador-de-ciencia-abierta-medicion-del-registro-de-estudios/




Un nuevo indicador de Ciencia Abierta: medición del registro de estudios

PLOS. (2024, julio 1). A new Open Science Indicator: Measuring study registration. The Official PLOS Bloghttps://theplosblog.plos.org/2024/07/a-new-open-science-indicator-measuring-study-registration/

El 1 de julio de 2024, PLOS lanzó un nuevo indicador de registro de estudios, mostrando un crecimiento lento pero constante en su adopción. El conjunto de datos incluye prácticas de Ciencia Abierta como la compartición de datos y códigos, y la publicación de preprints. Se solicita retroalimentación para mejorar el indicador y asegurar su utilidad.


Con el último lanzamiento de los resultados de los Indicadores de Ciencia Abierta (OSI) de PLOS, estamos introduciendo un nuevo indicador para el registro de estudios, también conocido como preregistro. Los resultados de esta versión preliminar del indicador muestran que la adopción es menor en comparación con otros indicadores, pero está creciendo, aunque lentamente. Con el tiempo, más investigadores pueden descubrir cómo registrar y compartir públicamente el diseño de un estudio antes de conocer los resultados puede aumentar la confianza en su trabajo.

Este lanzamiento también proporciona un primer vistazo a las prácticas de Ciencia Abierta para artículos publicados en 2024, actualizando los resultados de compartición de datos, compartición de código y publicación de preprints hasta el primer trimestre de este año. El conjunto de datos completo, que se remonta a 2018 y ahora comprende 135.214 artículos, está siempre disponible de forma gratuita para acceso y reutilización.


Desarrollo del nuevo indicador

El registro de estudios ha sido identificado como una práctica prioritaria de Ciencia Abierta para monitorear en la investigación biomédica. También es un indicador de interés para los pilotos organizados por la Red de Reproducibilidad del Reino Unido, en los cuales PLOS y DataSeer están participando. Para los fines de OSI, definiendo el registro de estudios como “el plan para un estudio de investigación, incluyendo preguntas/hipótesis de investigación, detalles sobre el diseño de la investigación y/o planes para el análisis de datos, que se ha puesto a disposición para compartir públicamente con el fin de asegurar un resultado imparcial y apoyar la diferenciación de direcciones de investigación planificadas y no planificadas”.

Desde ahí, se trabaja para desarrollar un enfoque para medir el registro de estudios en la literatura científica publicada. Inicialmente se enfoca en detectar referencias a registros que recogen información estructurada sobre el diseño de un estudio, incluyendo registros de ensayos clínicos, registros de revisiones sistemáticas, registros de estudios en animales y otros registros de propósito general como Open Science Framework. Posteriormente, se emparejan identificadores persistentes y otros enlaces con los registros correspondientes.

Este enfoque—que cubre más de 30 registros—es el más completo que se ha desarrollado e implementado a escala. Pero, debido a que se basa en una lista permitida predefinida de registros (ver la declaración de métodos del indicador de registro de estudios para más información), es posible que haya registros que se pasen por alto.


¿Qué tan común es el registro de estudios?

En los últimos cinco años, las tasas de registro de estudios en PLOS han aumentado lenta pero constantemente, del 5% de los artículos en 2018 al 7% en 2023. La misma tendencia general se puede observar en el corpus comparador, con tasas que aumentan del 6% en 2018 al 7% en 2023.

El registro más utilizado por los autores de PLOS es Clinicaltrials.gov, seguido por el registro de revisiones sistemáticas PROSPERO. Pero también se puede observar por primera vez con este nuevo indicador la prevalencia de registros usando el Open Science Framework y otros registros, que cubren una amplia variedad de diseños de estudio. Los datos que se están publicando actualmente no están optimizados para segmentar por disciplina, aunque una versión anterior del conjunto de datos de OSI incluye campos de investigación para la mayoría de los artículos relevantes y planeamos compartir un análisis de los datos de registro de estudios por campo más adelante este año. Otras características que estamos considerando para este indicador incluyen detectar registros en el texto de archivos suplementarios y capturar las fechas en que se registraron y compartieron los registros.


Otros resultados y refinamientos

Los principales archivos de datos en el último conjunto de datos de OSI incluyen todos los 112,229 artículos de investigación de PLOS publicados entre el 1 de enero de 2018 y el 31 de marzo de 2024, así como un corpus comparador más pequeño. Para los artículos de PLOS, los últimos resultados muestran:

  • 31% de todos los artículos de investigación compartieron datos de investigación en un repositorio en el primer trimestre de 2024 (sin cambios desde el cuarto trimestre de 2023).
  • 17% de todos los artículos de investigación compartieron código en el primer trimestre de 2024 (un 1% más que en el cuarto trimestre de 2023).
  • 22% de todos los artículos de investigación estuvieron asociados con un preprint en el primer trimestre de 2024 (un 2% menos que en el cuarto trimestre de 2023).

La tasa de adopción de preprints en los comparadores ha sido mayor que en PLOS desde 2023, impulsada por editores con servidores de preprints internos, pero esta tasa también disminuyó en los comparadores en el primer trimestre de 2024, lo que sugiere una tendencia más amplia. Mientras tanto, se han aplicado mejoras al indicador de preprints y se han aplicado retroactivamente a todo el corpus. Se ha eliminado una fuente menor de falsos positivos y, de manera más significativa, se han eliminado los preprints publicados después de que se publicó el artículo de investigación asociado (también conocidos como “postprints”). Este cambio afecta desproporcionadamente a los artículos más antiguos, que han tenido más tiempo para acumular un postprint.

También se ha actualizado el enfoque de emparejamiento de artículos comparadores. Para esta última versión, los términos de encabezados de materias médicas (MeSH) para el nuevo trimestre de datos se han actualizado según la distribución de términos MeSH para los artículos de PLOS publicados entre el 1 de enero de 2022 y el 31 de diciembre de 2023. Se espera actualizar la distribución de términos MeSH anualmente para asegurar que la comparativa siga siendo comparable a la composición cambiante de los artículos de PLOS.


miércoles, 8 de mayo de 2024

¿Quién debe pagar por publicar en acceso abierto? Surgen alternativas al APC

Publicado en Nature
https://www.nature.com/articles/d41586-023-03506-4


14 de noviembre de 2023


¿Quién debe pagar por publicar en acceso abierto? Surgen alternativas al APC


Las tarifas de procesamiento de artículos que cobran los editores a los autores se han convertido en parte integrante -y a veces impopular- de la revolución del acceso abierto. Se están estudiando otras opciones.


Katharine Sanderson



En abril dimitieron todos los miembros del consejo editorial de dos revistas especializadas en neuroimagen (the entire editorial boards of two companion neuroimaging journals resigned). Los 42 investigadores protestaban por lo que consideraban unas tasas excesivas de procesamiento de artículos (APC) para los autores que publican en las revistas, gestionadas por el gigante editorial holandés Elsevier. El APC de NeuroImage es de 3.450 dólares, y el de su revista hermana NeuroImage: Reports ha duplicado su APC hasta los 1.800 dólares.


Los APC se han convertido en parte integrante de la revolución de la publicación científica conocida como acceso abierto, el sistema en el que los artículos se ponen a disposición de todo el mundo tras su publicación. Revistas como NeuroImage y miles de otras cobran APC a los autores para cubrir los costes de publicación, como administración, edición y maquetación. A cambio, cuando estos artículos se publican, son inmediatamente accesibles para todos. Las tarifas pueden oscilar entre menos de 1.000 y más de 10.000 dólares por artículo. En algunos casos, los autores no las pagan directamente, si sus instituciones han suscrito contratos con editoriales que cubren los costes de la publicación en acceso abierto, o si sus financiadores cubren los costes.


Cuando los editores introdujeron por primera vez las APC, la expectativa era que estas tasas serían relativamente pequeñas y una medida temporal que incentivaría a los editores a pasar al acceso abierto. "Es una de esas cosas que parecían una buena idea en su momento", dice Johan Rooryck, director ejecutivo de cOAlition S, un grupo de financiadores y organizaciones de investigación que apoyan el cambio a la publicación académica de acceso abierto inmediato. La coalición desarrolló el Plan S, un acuerdo de 2018 originado en Europa, por el que los financiadores de la investigación exigen el acceso abierto total para los trabajos que surgen de su apoyo.


Ahora, cinco años después de la introducción del Plan S, el cambio hacia el acceso abierto se está acelerando a medida que un número creciente de organismos de financiación respaldan este movimiento, incluso si no se unen explícitamente al Plan S. Junto con el impulso hacia el acceso abierto, las preocupaciones sobre el concepto de APC han ido en aumento. El 31 de octubre, por ejemplo, la Coalición S presentó una propuesta que replantearía la publicación científica sin tasas de autor.


Los detractores de las APC son diversos: algunos sostienen que las revistas exigen tarifas exorbitantes que superan con creces la cobertura de sus costes y que algunas editoriales no son transparentes sobre lo que cubren las APC. "Probablemente no sea la forma correcta de financiar la edición académica", afirma Raym Crow, socio director de Chain Bridge Group, una consultora especializada en asesoramiento sobre acceso abierto de Flint Hill (Virginia).


Otra crítica es que las APC perpetúan las desigualdades globales. Muchas editoriales ofrecen exenciones a las APC especialmente a los autores de países de renta baja y media; pero algunos críticos sostienen que este sistema es injusto porque las directrices para optar a ellas suelen ser poco claras y, en muchos casos, la carga de buscar esas directrices recae en los autores.


Varias grandes editoriales científicas declararon a Nature que los APC existen para cubrir los costes asociados a la publicación, incluida la selección, revisión y procesamiento de manuscritos, todo lo cual añade valor a las comunicaciones académicas.


Un portavoz de Taylor & Francis, editorial internacional con sede en Abingdon (Reino Unido), afirma que su método de cálculo de los APC es transparente y que "apoyan modelos sostenibles de acceso abierto, reflejan el valor de nuestros servicios y garantizan que podamos seguir invirtiendo en una infraestructura sólida, escalable y flexible".


Un portavoz de Springer Nature declaró: "El APC de Nature y de las revistas de investigación [de la marca Nature] refleja el tiempo, la inversión y el valor de producir y publicar estas revistas". Añadieron que "estas revistas también son altamente selectivas, lo que significa que el personal de la revista invierte un tiempo considerable en evaluar los trabajos que finalmente no son aceptados para su publicación". (El equipo de redacción de Nature es editorialmente independiente de su editor, Springer Nature).


Pero a medida que evoluciona el panorama del acceso abierto, surgen diversos modelos de publicación y pago, además de los APC estándar, que van desde los adaptados a pequeñas comunidades de investigadores hasta un importante replanteamiento de la financiación y la infraestructura de investigación, de modo que ni los autores ni los lectores paguen.


Quizá el más radical y equitativo de todos los modelos de publicación sea el acceso abierto en diamante, en el que cualquiera puede publicar o leer artículos sin pagar tasas. Eso es lo que el Consejo de Ministros de la UE y la Coalición S están impulsando en todo el bloque. No está claro si investigadores, financiadores e instituciones apoyarán este plan.

En algunas zonas del mundo ya es un éxito, dice Rooryck. Se muestra entusiasmado con los proyectos de América Latina, como SciELO (Scientific Electronic Library Online), que comenzó en 1997 y está financiado por fondos estatales y gubernamentales, como la Fundación para la Investigación de São Paulo (Brasil).


Rob Johnson, fundador de la consultora Research Consulting, de Nottingham (Reino Unido), afirma que SciELO proporciona infraestructura para revistas diamante de acceso abierto y tiene un gran éxito. Las revistas individuales que forman parte de SciELO tienen sus propias fuentes de financiación, incluidas universidades y agencias nacionales.


"Hasta la fecha, el acceso abierto en diamante se ha basado en un modelo descentralizado compuesto por varias revistas pequeñas integradas en la comunidad científica. Esto es a la vez un punto fuerte y un punto débil", afirma Johnson. "La cuestión que se plantea en el futuro es si diamond open access recibirá el apoyo financiero necesario para ampliar su escala y ofrecer una auténtica alternativa a los modelos editoriales comerciales".


La editorial de acceso abierto sin ánimo de lucro PLOS, con sede en San Francisco (California), está experimentando con algunas formas de publicación distintas del APC. "Lo que hemos intentado es alejarnos de ellos y probar diferentes modelos para apoyar algunas de nuestras revistas", afirma Roheena Anand, directora ejecutiva de desarrollo editorial global de PLOS en Cambridge (Reino Unido).


Uno de ellos es la publicación de acción comunitaria (CAP). "El objetivo de este modelo es demostrar que no es necesario cobrar APC elevados para mantener una revista muy selectiva. Se basa en el principio de la acción colectiva", afirma John Edwards, editor para financiadores e instituciones de PLOS en Londres.


El modelo CAP establece unas tasas anuales fijas para las instituciones basadas en la actividad editorial de todos los autores nombrados en un artículo -no sólo los autores correspondientes- y da a sus académicos oportunidades ilimitadas de publicar en tres revistas PLOS. Este tipo de acuerdo cubre a una minoría de autores de PLOS; la mayoría sigue pagando APCs. PLOS Sustainability and Transformation, lanzada en 2022, se financia íntegramente mediante el modelo CAP, que incluye una disposición para que los autores de instituciones no participantes paguen una cuota de contribución.


Otro modelo que PLOS está probando se denomina equidad global. En ese plan, las instituciones individuales pagan una cuota fija y sus investigadores pueden entonces publicar en revistas específicas de PLOS, con cuotas anuales en una escala móvil que depende de las circunstancias de cada institución suscriptora.


Algunas organizaciones están adoptando otros modelos de publicación. En junio, la Sociedad Americana de Microbiología (ASM) anunció el paso a la publicación en abierto de sus seis revistas por suscripción. Cada año, el contenido de una revista pasa a ser de acceso abierto si las suscripciones alcanzan un objetivo mínimo.


Este tipo de enfoque puede funcionar en ámbitos de investigación bien establecidos o con una comunidad muy unida, sugiere Johnson. Señala como ejemplo la asociación SCOAP3 en el campo de la física de altas energías. "Existe una comunidad claramente definida y bien financiada", afirma Johnson.


Opciones verdes


Algunas revistas mantienen muros de pago para sus artículos y apoyan lo que se denomina acceso abierto verde, permitiendo a los autores compartir inmediatamente los manuscritos revisados por pares. Este es el modelo utilizado por la revista Science, que se financia en parte con las cuotas de los miembros de su editorial, la Asociación Americana para el Avance de la Ciencia.


En septiembre, la Sociedad Americana de Química (ACS) anunció una variación sobre este tema del acceso abierto verde. La sociedad lo ofrece a los autores que necesitan cumplir una política para que sus trabajos revisados por pares estén disponibles inmediatamente, pero que no tienen APC pagados por instituciones o financiadores bajo acuerdo con la ACS. La tasa que se cobra a los autores cubre los costes que, según la AEC, están asociados a un manuscrito desde el momento de su presentación hasta la decisión editorial final. Según Sarah Tegen, vicepresidenta senior y directora de publicaciones de la ACS en Washington DC, estos costes de desarrollo del artículo (ADC), que incluyen la organización de la revisión por pares, suponen más del 50% del coste total de la publicación.


Sin embargo, esta idea ha resultado controvertida. En una declaración del 9 de octubre, el Consejo de Bibliotecarios Universitarios Australianos expresó "serias preocupaciones", una de las cuales es que la AEC está cobrando dos veces a los investigadores: los autores pagan las ADC y los suscriptores pagan después para acceder a los artículos tras un muro de pago.


En respuesta, ACS afirma que "no hay ningún punto en el que ACS Publications cobre dos veces por los mismos servicios".


Los debates sobre las APC forman parte de una discusión más amplia sobre cómo orientar la edición científica hacia una mayor apertura. Pero los editores afirman que algunos llamamientos a la reforma pasan por alto importantes servicios que ellos prestan.


"Existe un malentendido generalizado sobre la amplia y compleja infraestructura que mantienen las editoriales", afirma Caroline Sutton, directora ejecutiva de STM, una organización de miembros de la industria editorial académica con sede en La Haya (Países Bajos). "Esta infraestructura desempeña un papel vital para garantizar la fiabilidad, así como el correcto archivo y descubrimiento de la investigación".




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  • 14 November 2023

Who should pay for open-access publishing? APC alternatives emerge

Article-processing charges levied by publishers on authors have become an integral — and sometimes unpopular — part of the open-access revolution. Other options are being explored.



In April, the entire editorial boards of two companion neuroimaging journals resigned. The 42 researchers were protesting against what they thought to be excessive article-processing charges (APCs) for authors publishing in the journals, which are run by Dutch publishing giant Elsevier. The APC for NeuroImage is US$3,450, and its sister journal NeuroImage: Reports has doubled its APC to $1,800.

APCs have become an integral part of the revolution in scientific publishing known as open access — the system in which papers are freely available for all to read after publication. Journals such as NeuroImage and thousands of others charge authors APCs to cover publishing costs, such as administration, editing and typesetting. In return, when these papers are published, they are immediately accessible to all. The fees can range from less than $1,000 to more than $10,000 per paper. In some cases authors don’t pay them directly, if their institutions have entered into contracts with publishers that cover the costs of open-access publishing, or if their funders cover the costs. 

When publishers first introduced APCs, the expectation was that these fees would be relatively small and a temporary measure that would provide an incentive for publishers to move to open access. “It’s one of those things that looked like a good idea at the time,” says Johan Rooryck, executive director of cOAlition S, a group of research funders and organizations supporting the shift to immediate open-access academic publishing. The coalition developed Plan S, a 2018 agreement originating in Europe, whereby research funders mandate full open access for the work that emerges from their support.

Now, five years after Plan S was introduced, the shift towards open access is picking up speed as an increasing number of funding bodies throw their weight behind this movement, even if they don’t explicitly join Plan S. Along with the momentum towards open access, concerns about the APC concept have been growing. On 31 October, for example, cOAlition S released a proposal that would reimagine scientific publishing without any author fees. 

Critics have a range of complaints about APCs, with some arguing that journals demand exorbitant fees that go well beyond covering their costs and that some publishers are not transparent about what APCs cover. “It’s probably not the right way to finance academic publishing,” says Raym Crow, a managing partner at Chain Bridge Group, a consultancy company specializing in advice on open access in Flint Hill, Virginia.

Another criticism is that APCs perpetuate global inequities. Many publishers offer waivers to APCs especially for authors in lower- and middle-income countries; but some critics argue that this system is unfair because the guidelines for eligibility are often unclear, and in many cases the burden rests with authors to seek out those guidelines.

Several large scientific publishers told Nature that APCs exist to cover the costs associated with publishing, including selecting, reviewing and processing manuscripts, all of which add value to scholarly communications.

A spokesperson for Taylor & Francis, an international publisher based in Abingdon, UK, says it has a transparent approach to calculating APCs and that “they support sustainable models of open access, reflect the value of our services, and ensure we can continue to invest in robust, scalable and flexible infrastructure”.

A Springer Nature spokesperson said: “The APC of Nature and the [Nature-branded] Research Journals reflects the time, investment and value of producing and publishing these journals.” They added that “These journals are also highly selective, which means the journal staff invest considerable time assessing papers that are not ultimately accepted for publication”. (Nature’s news team is editorially independent of its publisher, Springer Nature.)

But as the open-access landscape evolves, various publishing and payment models are emerging in addition to standard APCs, ranging from ones tailored to small communities of researchers, to a major rethinking of funding and research infrastructure so that neither authors nor readers pay. 

Shifting payment

One alternative is a model that keeps APCs but doesn’t pass the charges to authors. Instead, institutions, funders or governments would pay publishers directly. That’s the idea behind Open Research Europe, a no-fee open-access publishing platform for researchers funded by the Horizon Europe programme and others operated by the European Union.

Another example is SCOAP3, a partnership between more than 3,000 libraries, funding agencies and research institutes, administered by CERN, Europe’s particle-physics laboratory near Geneva, Switzerland. Publishers have a contract directly with CERN, and the participating institutions contribute what would otherwise have been subscription fees into a central pot that then covers article-processing costs at participating journals. 

Perhaps the most radical, and equitable, of all the publishing models is diamond open access, in which anyone can publish or read articles without fees. That is what the EU council of government ministers and cOAlition S are pushing for across the bloc. It’s unclear whether researchers, funders and institutions will support this plan.

In certain areas of the world, it is already a success, says Rooryck. He is enthusiastic about schemes in Latin America, including SciELO (Scientific Electronic Library Online), which started in 1997 and is paid for by state and government funders, such as the São Paulo Research Foundation in Brazil.

Rob Johnson, the founder of consultancy firm Research Consulting in Nottingham, UK, says SciELO provides infrastructure for diamond open-access journals and is extremely successful. The individual journals that are part of SciELO have their own sources of funding, including universities and national agencies.

“To date diamond open access has relied on a decentralized model comprised of multiple small journals which are embedded in the scholarly community. This is both a strength and a weakness,” says Johnson. “The question going forward is really whether diamond open access will receive the financial support needed to allow it to scale and offer a genuine alternative to commercial publishing models.” 

Non-profit open-access publisher PLOS, in San Francisco, California, is experimenting with some non-APC ways of publishing. “What we’ve been trying to do is purposefully move away from them and trial different models to support some of our portfolio journals,” says Roheena Anand, executive director of global publishing development at PLOS in Cambridge, UK.

One is called community action publishing (CAP). “This model aims to demonstrate that we do not need to charge high APCs in order to sustain a highly selective journal. It’s based on the principle of collective action,” says John Edwards, a publisher for funders and institutions at PLOS in London. 

The CAP model sets fixed annual fees for institutions based on the publishing activity of all authors named on a paper — not just corresponding authors — and gives their academics unlimited chances to publish in three PLOS journals. This type of agreement covers a minority of PLOS authors; the majority still pay APCs. PLOS Sustainability and Transformation, launched in 2022, is entirely funded through the CAP model, which includes a provision for authors at non-participating institutions to pay a contributing fee.

Another model PLOS is trialling is called global equity. In that plan, individual institutions pay a flat fee and their researchers can then publish in specific PLOS journals, with annual fees on a sliding scale depending on the circumstances of each subscribing institution.

Some organizations are shifting to other models of publishing. In June, the American Society for Microbiology (ASM) announced a move to Subscribe to Open publishing for all of its six subscription journals. Each year a journal’s content becomes open access if subscriptions to it reach a minimum target. 

This sort of approach can work in areas of research that are well established, or have a close-knit community, suggests Johnson. He points to the SCOAP3 partnership in the field of high-energy physics as an example. “There’s quite a clearly defined community and it’s a well-funded community,” says Johnson.

Green options

Some journals maintain paywalls for their articles and support what’s called green open access, by allowing authors to immediately share peer-reviewed manuscripts. This is the model used by the journal Science, which is financed in part by membership fees for its publisher, the American Association for the Advancement of Science. 

In September, the American Chemical Society (ACS) announced a variation on this green open-access theme. The society offers this to authors who need to comply with a policy to make their peer-reviewed work immediately available — but who don’t have APCs paid for them by institutions or funders under agreement with ACS. The fee charged to authors covers the costs that ACS says are associated with a manuscript from when it is submitted through to the final editorial decision. These article development charges (ADCs), which include organizing peer review, comprise more than 50% of the overall cost of publishing, says Sarah Tegen, senior vice-president and chief publishing officer at ACS in Washington DC.

However, this idea has proved controversial. In a statement on 9 October, the Council of Australian University Librarians expressed “serious concerns”, one of which is that the ACS is charging researchers twice: authors pay ADCs and subscribers then pay to access papers behind a paywall.

In response, ACS says that, “There is no point at which ACS Publications charges for the same services twice.” 

The debates over APCs are part of a broader discussion about how to shift scientific publishing towards greater openness. But publishers say some calls for reform overlook important services that they provide.

“There’s a widespread misunderstanding of the extensive and complex infrastructure that publishers maintain,” says Caroline Sutton, the chief executive of STM, a membership organization for the academic publishing industry headquartered in The Hague, the Netherlands. “This infrastructure plays a vital role in ensuring the trustworthiness as well as the proper archiving and discoverability of research.”

Nature 623, 472-473 (2023)

doi: https://doi.org/10.1038/d41586-023-03506-4


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Publicado en THE Times Higher Education https://www.timeshighereducation.com/news/corrupting-chatgpt-use-polarises-peer-reviewers   Quemadlo...